台州市最近遭受14号12级台风“云娜”袭击，90%以上厂房屋面板被掀，请问这个损失是由甲方承担还是由施工单位承担？哪儿有相关的法规下载？

这要看合同中规定的权利义务了。按国际惯例此情况应当属业主风险。承包商不承担业主风险，应当尽快提出索赔。
http://www.21cn-highway.com/glgf/glgf024.htm

风险不一定属于业主。
  
作为施工方，是否进行了工程保险？比如工程一切险。一般情况下上保险是工程承包方的责任。请注意投保人，受益人，保费支付人等各个概念。
  
如果我是业主，我就从这方面推脱责任。
  
如果我是承包方，就寻求当地其他项目中承包方的做法，取得有利于自方的旁证。
  
注意不可抗拒力(force majeure)的确认程序。