在我与施工单位钢结构结算中，我公司审计部门提出一个问题，由于钢材是甲供材，按定额规定给其考虑6%的损耗，请问与施工单位结算时，是否该把这6%损耗的残余价值扣除，为什么?

不是很明白你的意思，甲公司是你们公司，还是施工公司？

我们是甲方阿~我觉得这样不太合理

甲供材料施工前有甲乙双方核定好的材料计划，完工后与乙方结算时以乙方领用材料的总数量和单价折算材料费，等值计入乙方工程总价，在拨付工程款时再同值扣除。只有可能增加税金，不存在6%残值问题。定额材料损耗费用盈亏已由材料供应方承担；若乙方在工程完工后还有剩余材料，乙方应主动退料，以冲抵领用材料费，否则就成了相当于乙方已从甲方得到工程款的问题了。